تهدف الأطروحة بشكل رئيسي إلى:

1. دراسة الميكروبيوم الرئوي (Lung microbiome) لدى مرضى توسّع القصبات (Bronchiectasis) ومقارنته بالأشخاص الأصحاء.
2. تحليل التغيرات في التركيب البكتيري (Dysbiosis) ومعرفة دور البكتيريا الانتهازية في تطور المرض.
3. تقييم التنوع الميكروبي (Alpha and Beta diversity) لتحديد الفروق بين المرضى والأصحاء.
4. الكشف عن وجود بكتيريا السل (Mycobacterium tuberculosis) داخل بيئة مرضى توسع القصبات.
5. دراسة المقاومة للمضادات الحيوية في عزلات السل، خاصة السلالات: متعددة المقاومة (MDR) وشديدة المقاومة (Pre-XDR)
6. تحليل الجينوم الكامل (WGS) لهذه السلالات لفهم: الطفرات الجينية جينات الضراوة (Virulence) عناصر النقل الجيني (Mobile genetic elements) كما انها هدفت الى فهم المرض من منظور متكامل (ميكروبي ، جينومي و بيئي) وليس فقط تشخيص تقليدي.

الأطروحة تضمنت عدة محاور رئيسية:

الجانب السريري :جمع عينات البلغم من مرضى مختلفين: توسع القصبات،السل،COPD و االالتهاب الرئوي

الجانب المختبري التقليدي: زراعة البكتيريا على: MacConkey agar, Blood agar LJ medium

التحليل الميتاجينومي: دراسة الميكروبيوم بالكامل بدون زراعة تحديد الأنواع البكتيرية نسبها

التحليل الإحصائي والبيئي: Alpha diversity Beta diversity، PCA ، PCoA ، NMDS، Heatmap و LEfSe

دراسة السل المقاوم:اختبار الحساسية للمضادات و تحديد MDR و Pre-XDR

التحليل الجيني المتقدمWhole Genome Sequencing (WGS): تحليل: الطفرات ،جينات المقاومة ،جينات الضراوة، MLSTو Lineage

التحليل التطوري والجينومي:مقارنة الجينومات (BRIG) ودراسة العناصر الجينية المتنقلة.

توصلت الدراسة إلى عدة نتائج مهمة:

على مستوى الزراعة البكتيرية كانت النتائج إيجابية فقط في مرضى توسع القصبات ومرضى السل بينما كانت سلبية في  COPD والالتهاب الرئوي، مما يدل على محدودية الطرق التقليدية في التشخيص.

على مستوى الميكروبيوم المرضى أظهروا اختلالًا ميكروبيًا (Dysbiosis) يتمثل في: زيادة بكتيريا ممرضة مثل: Pseudomonas Mycobacterium Nocardia Neisseria في المقابل، الأصحاء لديهم: بكتيريا نافعة مثل: Streptococcus Prevotella Veillonella  هذا يدل على أن المرض مرتبط بخلل التوازن الميكروبي.

التنوع الميكروبيانخفاض في التنوع عند المرضى (لكن غير معنوي إحصائياً) زيادة التباين بين المرضى (heterogeneity) وهذا يدل على عدم استقرار البيئة الميكروبية في المرض

وجود علاقة بين توسع القصبات والسلتم اكتشاف Mycobacterium tuberculosis داخل المرضى يشير الى أن السل قد يكون سببًا أو عاملًا مساهمًا في توسع القصبات

مقاومة المضادات الحيوية نسبة عالية من السلالات: MDR = حوالي 59% وجود سلالاتPre-XDR  جميعها مقاومة لأدوية رئيسية مثل Rifampicin Isoniazid Amikacin Levofloxacin

التحليل الجينومي (WGS) أظهر أن: هناك: طفرات متعددة في جينات المقاومة (مثل rpoB, katG,    (gyrA تنوع جيني بين السلالات وجود سلالات من سلالات عالمية (Lineage 3) و (Lineage 4) بالإضافة إلى: وجود عناصر وراثية متنقلة (MGEs) تساعد في: نقل الجينات وزيادة المقاومة

الاستنتاج العام المرض ليس مجرد عدوى بكتيرية بل هو نتيجة: خلل ميكروبي (Dysbiosis) بكتيريا ممرضة مسيطرة تطور جيني للبكتيريا (خاصة السل المقاوم(

تقدير الاطروحة :امتياز