تقوم شعبة شؤون طلبة الدراسات العليا بمنح المتخرجة شهادة دكتوراه فلسفة في الاختصاصات المقررة في الاقسام (علوم الحياة، الكيمياء، الفيزياء، الرياضيات) وكما يلي:
- قسم علوم الحياة: (علم النبات، علم الاحياء المجهرية، (علم الوراثة لغاية 2015/2016) الان علق هذا التخصص، علم الحيوان، علم البيئة)
- قسم الكيمياء: (العضوية، اللاعضوية، التحليلية، الحياتية، الفيزيائية)
- قسم الفيزياء: (الليزر والبصريات، النووية والبيئية (حاليا علق هذا التخصص)، النظرية والجزيئية(حاليا علق هذا التخصص) ، الحالة الصلبة والمواد، والفيزياء العام ( حاليا علق هذا التخصص)